성에서 농성 중인 NPC는 상상을 초월한 실력으로 MMTM도 SHINC도 쉽게 전멸당하고 말았다. 이어서 ZEMAL이 '적대 세력이 아님. 우리들을 성에 들여보내 달라!'라고 적힌 플래카드를 머리 위로 들고 성안으로 들어가려 했지만 피토휘의 방해를 받아 실패했다. 그리고 이때 NPC의 공격으로 LPFM의 비장의 카드였던 드론이 격추당하고 만다. 그래서 피토휘는 다른 팀 전원에게 협력 플레이를 요청할 것을 제안했고, T-S와 ZEMAL, MMTM, SHINC와 함께 성 공략을 개시했는데!

SHINC의 에바와 진심으로 싸우기 위해 렌은 게임 참가를 결정했다. 이 게임을 클리어하기 위해서는 7명의 NPC를 전멸시키거나 그들이 빼앗은 가스 탄두를 되찾을 필요가 있었다. LPFM의 멤버들과 함께 적이 기다리고 있는 목적지로 향하던 렌은 도중에 SHINC와 조우했다. 돌격하려던 순간, ZEMAL의 공격을 받은 렌. 백팩형 급탄 시스템으로 빈틈없는 연사가 가능해진 ZEMAL의 공격은 엄청나서 도무지 반격의 실마리를 찾지 못하고 있었는데.

격동의 SJ3로부터 한 달이 지났다. 홋카이도에서 돌아온 카렌은 GGO를 계속할지 말지를 고민하고 있다고 미유에게 말했다. 하지만 미유는 카렌의 진짜 고민이 엘자나 사키가 카렌에게 보내는 순수한 라이벌 의식 때문이라는 것과, GGO에서의 살육전에 당황하고 있지만 전투의 즐거움에 매료돼 있다는 사실을 간파했다. 그러던 중, GGO 운영진 측에서 SJ와는 다른, 새로운 게임에 대한 안내가 도착했다. 그 내용은 '전용 특설 필드에서 신형 NPC들이 지키는 '거점'을 복수의 팀으로 동시에 공략한다'라는 내용이었는데.

LPFM의 진짜 '배신자'는 렌이었다. 피토휘는 진심으로 렌과 싸우기 위해 자신이 '배신자'라고 거짓말을 했던 것이었다. 사실을 알게 된 렌은 화가 나서 피토휘를 쓰러뜨리겠다고 선언했다. 에바와 합류해 BTRY로서 LPFM과 대결하기로 결심한 렌. 이에 피토휘는 BTRY와 대등한 싸움을 위해 엠에게 승부를 방해하지 말라고 말한 뒤 후카지로와 함께 BTRY와의 승부에 나섰다. 드디어 SJ3 최후의 전투의 막이 오른다......!

피토휘의 명령으로 침수를 막지 않은 채 항해를 계속하던 호화 여객선은 서서히 가라앉기 시작했다. LPFM은 격전 끝에...

섬의 중앙으로 향한 렌 일행은 그곳에 자리 잡은 호화 여객선을 발견했다. 섬은 계속 점점 가라앉고 있어서 그 배를 타지 않으면 익사할 수밖에 없었다. 하지만 배에는 BTRY가 기다리고 있어서 섣불리 접근할 수 없었다. 어떤 팀이 먼저 움직일 것인가. 남은 팀들이 서로 견제하는 가운데, 호화 여객선에서 소형 배를 떨어트려 선체 하부의 진입로가 차례로 막히기 시작했다. 각오를 굳힌 LPFM은 엠의 사격을 신호로 돌격했다. 동시에 다른 팀도 여객선으로 향했다. BTRY와 남은 팀의 생존을 건 결사의 싸움이 시작되었는데!

운영팀으로부터 충격적인 특별 규칙이 발표되었다. 그것은 남은 여섯 팀에서 각각 한 명씩을 '배신자'로 뽑아서 새로운 팀을 결성하는 것이었다. LPFM에서는 피토휘가 , SHINC에서는 팀의 리더인 에바가 뽑혔다. 렌과 싸울 수 있게 되어 기뻐하는 피토휘. 에바는 렌과 싸울 수 있기를 바라며 미련 없이 팀에서 나왔다. 그리고 모든 '배신자'들이 언노운 구역에 설치된 호화 여객선에서 합류했고, 이로써 가장 무시무시한 팀인 '비트레이어즈'가 결성되었는데!

클라렌스와 셜리에 의해 연합 팀은 괴멸했다. 그 두 사람도 격전 끝에 무승부로 사망했고 KKHC도 전멸한다. LPFM은 화물 열차에 있던 트럭을 타고 누구의 방해도 받지 않고 유유히 언노운 구역으로 향했다. 한편, 섬의 동남쪽에 전송된 SHINC는 스캔을 기다리지 않고 진군을 개시했다. 그러던 도중, 난폭한 행동을 일삼는 팀 BKA와 조우하여 순식간에 그들을 격파한다. 이어서 광학총만을 사용하는 RGB와도 조우한다. 광학총 대책에 만전을 기한 SHINC는 대전차 라이플을 사용한 원거리 저격으로 RGB를 손쉽게 괴멸시켰는데.

연합 팀의 대부분을 물리친 LPFM이었지만 그 사이에도 섬은 계속 가라앉았고 활동 가능 지역이 대폭 감소했다. 렌 일행은 바다를 피해 연합 팀이 뭉쳐있는 북동쪽을 돌파하는 작전을 세웠다. 한편, 클라렌스는 연합 팀에 참가했다. 두 명씩 팀을 나누어 LPFM에게 파상 공격을 하는 작전을 제안한 클라렌스. 하지만 작전 개시 직후 클라렌스는 배신했고 연합 팀에 송곳니를 드러냈다. 거기에 KKHC를 떠나 단독으로 행동하던 셜리도 연합 팀을 공격하기 시작했는데!

SJ3가 시작됐다. 이번 필드는 사방이 바다로 둘러싸인 섬. 약간 높은 언덕인 중앙 부분은 '언노운'이라고 기록되어 있었다. '이 언노운이 이번 <특별 규칙>인 걸까?' 렌이 그런 생각을 하고 있을 때, 해안의 수위가 상승하고 있다는 것을 알게 된다. 필드인 섬이 조금씩 가라앉고 있는 것이었다! 어떤 위험이 도사리고 있는지 알 수 없는 언노운으로 향할 수밖에 없게 된 렌 일행. 그러던 도중, 우승 후보인 LPFM을 쓰러트리기 위해 손잡은 연합 팀의 습격을 받게 되었는데.

두 번 생긴 일은 세 번도 생긴다