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1668년의 카리브해. 깃발을 휘날리며 해적선 '모닝스타'호가 짙푸른 대양을 가로질러 간다. 선장은 윤기나는 갈색 머리의 미녀 모건 아담스(Morgan Adams: 지나 데이비스 분). 선장이었던 그녀의 아버지는 자신의 이복형이자 악명 높은 해적 선장 독 브라운(Dawg Brown: 프랑크 랑겔라 분)에게 목숨을 잃고 그녀에게 애지중지하던 모닝스타호와 머리 가죽에 새겨 두었던 보물 지도 한장을 물려준다. 모건은 아버지가 물려준 유일한 재산인 보물 지도의 내용을 해독하기 위해 라틴어를 할 줄 아는, 사기를 치다 노예로 팔려온 청년 윌리엄 쇼(William Shaw: 매튜 모딘 분)를 사들인다. 하지만 지상 곳곳에 나붙은 모건의 현상 수배 벽보와 음흉한 해군 제독은 보물 지도를 해독하기도 전에 그들의 귀찮은 장애물이 된다.
  핸섬한 사기꾼 쇼는 아버지에 대한 복수와 보물을 찾겠다는 욕망 로 바다와 자신의 선원들을 지키는 모건의 용기와 매력에 빠져 자신도 모르는 사이에 그녀의 포로가 된다. 모건과 함께 컷스로트 아일랜드를 찾아가는 험난한 여정에 동행한 쇼는 보물섬을 찾는 결정적인 단서가 될 또 의 지도를 훔쳐낸다. 전체 세 장으로 나뉘어 있는 보물 지도중 두 조각을 입수한 모닝스타호는 컷스로트 아일랜드를 향해 거침없이 노를 젓는다. 그러나 여선장 모건을 시기하던 스컬티(Scully: 지미 F. 스카그스 분)는 선상 반란을 일으키고 모닝 스타호는 또한차례 죽음의 곡예를 넘는다