메기를 무찌르기 위해 전기뱀장어의 힘을 빌리고자 바다로 향하는 왕눈이 남은 연못 주민들도 지금까지 도망 다니기만 했던 태도를 바꿔 싸우는 방법을 생각하게 되었습니다. 당황한 가재와 그 부하들은 공격을 시작합니다. 하지만 강적 앞에서도 평화를 원하는 연못 주민들의 마음은 결코 약해지지 않았습니다.

개과천선한 투투의 후임자로 무지개 연못의 지배자가 되려고 하는 가재. 그런 가재의 부하들은 왕눈이네 가족과 투투를 힘으로 눌러 메기에게 산제물로 바치려고 합니다. 투투와 왕눈이 아버지는 붙잡힌 왕눈이와 아롬이를 구할 수 있을까요?

메기와 결별하기로 마음먹은 투투. 그러나 용기가 없어서 앞으로 나서지 못하고 있었습니다. 그러나 아버지인 투투의 나쁜 계략을 알게 된 아롬이는 무지개 연못의 주민이 마구잡이로 잡아먹히지 않도록 스스로 메기에게 가기로 하는데요…

어느 날, 너무 심심했던 메기는 지옥밀림을 빠져나왔다가 무지개 연못에서 왕눈이와 아롬이를 보게 되는데요, 그들을 보는 동안 아롬이가 이야기 상대가 되어주었으면 하고 바라게 됩니다. 메기가 시키는 대로 나쁜 짓을 하고 있는 투투. 그 관계를 알게 된 왕눈이는 혼자서 고민합니다.

메기는 공물이 줄어든 것에 화를 내며 "무지개 연못에서 난동을 부리겠다"고 투투를 위협합니다. 신체에 위협을 느낀 투투는 무지개 연속의 주민들에게 공물을 더 많이 내라고 강요합니다. 그때 나쁜 떠돌이 개구리가 왕눈이에게 접근해 "투투를 무찔러 달라"고 말하는데요…

인사도 제대로 하지 못하고, 예의범절도 모르는 시골 개구리 왕눈이가 너무나 싫은 투투. 좀 더 예의범절을 알고 공부를 잘한다면 아롬이의 친구로 인정해 주겠다고 말합니다. 그래서 아롬이는 왕눈이를 자기 집에서 예의범절을 배우게 하는데요…

무지개 연못의 물이 말라버리고 말았습니다. 투투는 '물이 있는 장소'를 봤다는 왕눈이의 말을 믿고 주민들에게 이사를 명령합니다. 그러나 주민들은 물이 잘 찾아지지 않자 화가 나서 왕눈이가 거짓말을 했다고 여기고 왕눈이네 가족을 기우제의 산제물로 받치려고 하는데요…

왕눈이와 아롬이는 둘이서 놀러 나왔다가 길을 잃고 헤매다 무지개 연못으로 돌아가는 길을 잃고 말았습니다. 이때 둘은 벼랑 아래 작은 연못에서 산청개구리 남매와 만나게 됩니다. 남매는 왕눈이와 아롬이를 악마로 착각하고 공격을 하는데요…

가뭄이 계속되면서 숲에 사는 동물들과 무지개 연못 주민들 사이에 물을 둘러싸고 작은 분쟁이 일어납니다. 숲에 사는 벌새는 산에 사는 병에 든 다람쥐 아이에게 물을 먹이기 위해 무지개 연못에 내려온 것입니다. 그러나 투투는 숲의 동물들에게 귀중한 물을 줄 수 없다며 연못의 물을 지키고 있었답니다.

부모에게 버림받은 방게 삼남매를 자라에게서 구한 왕눈이. 부모님이 사흘 전부터 돌아오지 않아 무서워하고 있는 아기 방게들을 안심시키기 위해 왕눈이는 아이들의 아버지가 되기로 합니다. 아이들을 마을로 데리고 오는 왕눈이. 그런데 방게 아이들의 장난이 너무 짓궂어 왕눈이도 아주 곤란해지고 맙니다.

인간에게 잡힌 심술이를 구하기 위해 왕눈이는 목숨을 걸고 인간의 집을 찾아갑니다. 그러나 병에 들어있는 심술이를 구하려던 왕눈이도 인간에게 붙잡히고 맙니다. 해부대에 눕혀져 핀으로 고정되는 심술이와 왕눈이.

병으로 생명이 위태로운 여동생 청순이에게 개골개골피리를 들려주고 싶다'는 마음으로 새벽의 연못에서 이곳까지 온 청식이. 그는 왕눈이의 눈앞에서 솔개에게 공격받아 죽고 맙니다. 그런 청식이의 마음을 알게 된 왕눈이는 청순이에게 개골개골 피리를 들려주고자 여행을 떠나게 된답니다.

무지개 연못 수호신에게 '똑똑한 개구리가 되게 해달라'고 비는 겁쟁이 얼간이는 무지개 연못에서 괴물과 만나 큰 소란을 일으킵니다. 그러나 무지개 연못의 주민들은 얼간이의 말 같은 건 믿지 않았습니다. 한편, 왕눈이는 이 연못에서 아버지와 헤어졌다고 하는 전기뱀장어 형제와 만나게 됩니다.

무지개 연못에서는 메기가 일으킨 지진이 자주 일어나고 있었습니다. 공물이 줄어가는 것에 화내는 메기. 투투는 서둘러 공물을 조달해야만 했습니다. 이때 멀리 장난감을 팔러 간 왕눈이 아빠가 철갑상어에게 공격받아 큰 상처를 입고 돌아옵니다.

투투가 무지개 연못에 새로운 규칙을 만들어 "나이를 들어 일할 수 없는 자들은 아래 연못으로 이사하라"고 말합니다. 그런 노인들을 무시하는 왕눈이. 그러나 왕눈이 아빠가 병이 들고, 그 약을 우렁 할머니만이 만들 수 있다는 것을 알고 할머니를 쫓아가 약을 만들어 달라고 부탁하는데요…

무지개 연못에 부모님을 찾아 여행하고 있는 배꼽 개구리가 찾아옵니다. 심술이와 그 친구들은 심술궂게도 "그 배꼽을 더 크게 해주겠다"며 나무에 묶어두고 도망갑니다. 몸을 움직일 수 없게 된 개구리. 하늘에서는 때까치가 그를 노리고 왕눈이는 배꼽 개구리를 구해주기 위해 때까치와 맞서는데요…

병이 무지개 연못에 날아 들어옵니다. 뚜껑이 조금 열려있던 병 안의 내용물이 무지개 연못으로 흘러나올 것 같았지요. 투투의 집사 청발이는 투투에게 병 속에서 독극물이 흘러나오면 연못이 모두 죽는다고 말합니다. 왕눈이는 목숨을 걸고 병의 뚜껑을 막으러 가는데요, 병이 쓰러져 독을 뒤집어쓰고 맙니다.

왕눈이와 아롬이는 인간이 탄다고 하는 커다란 배를 구경하기 위해 바다로 향합니다. 항구에 도착한 둘은 강아지에게 공격당하자 인간의 배에 숨어 들어가는데, 배가 그만 출항해버리고 맙니다. 육지로 돌아가지 못한다는 알게 된 왕눈이와 아롬이. 둘은 배 안을 탐험하기 시작합니다.

왕눈이는 새끼 도롱뇽인 도롱쇠와 친구가 됩니다. 도롱쇠는 드센 엄마와 둘이서 행방불명 된 아버지를 찾고 있었습니다. 옆집 아저씨와 함께 "무지개 연못에 간다"고 하고 그대로 행방불명이 된 아버지는 오른쪽 볼에 상처가 있습니다. 그 얘기를 들은 왕눈이는 파랗게 질립니다.

무지개 마을에 비눗방을을 파는 꽃게 홍치와 방울이 부자가 옵니다. 왕눈이와 아롬이는 방울이와 금새 친해집니다. 그러나 아버지인 홍치는 오직 돈 버는 것에만 정신이 팔려 몸이 약해진 방울이를 투투에게 팔아넘긴답니다.