네클라임, 그리고 풀러도 사라졌다. 기동메카과를 해산한다는 말이 나온다. 그때 류가 최고시민상, 크리스마스 스타상을 받게 된다.

파괴된 네오 토키오에 풀러가 나타났다. 그는 기동메카과를 괴롭히기 위해 류의 초능력을 이끌어낸다.

놀랍게도 미렌느는 풀러의 딸이었다. 지워진 기억을 되찾은 미렌느는 풀러에게서 루트비히 암살 명령을 받는다.

루트비히는 초능력 연구소에 비밀 무기 슈퍼X를 보낸다. 연구소 폭파에 휘말려 우연히 예지능력을 발견한 소피아는 풀러가 돌아올 것을 예언한다.

네오 토키오 메인 컴퓨터인 토키오88에 네클라임의 신병기, 네클라이저의 마수가 다가온다.

류의 초능력 수련이 다시 시작됐지만 전혀 효과는 없다. 그때 네클라임에게 고용된 킬러 에이즈리가 류를 공격했고 곤도 경위가 대신 당하고 만다.

곤도 경위는 류의 초능력 수련을 위해 초능력 일족의 마을로 보낸다. 촌장은 초능력자로서 류에게 부족한 것은 ‘무념무상’이라고 말한다.

루트비히의 야망을 달성하기 위해 스팅어 부대는 네클라임 서부 지부를 괴멸시킨다. 괴멸한 아지트에서 류는 비밀경찰 조안나와 만난다.

심각해져 가는 네클라임과의 전투에 맞서기 위해 국제경찰군이 결성되고 클로드가 그 멤버로 지명된다

아마존에 7인의 킬러가 모였다. 그들이 받은 의뢰는 루트비히가 유괴한 부호의 딸을 구출하는 것이다.

풀러가 살아있었다. 사실을 확인하기 위해 우주선을 타고 떠난 류. 하지만 네클라임의 공격을 받던 우주선과 함께 추락하고 만다.

순찰 중인 류는 네클라임의 습격을 받은 소녀 차코를 구한다. 곤도 경위와 동료들은 차코가 네클라임 천재과학자의 딸 마가렛이라는 걸 알게 된다.

곤도 경위의 명령으로 류는 교도소에 잠입한다. 그곳에서 마피아 두목인 카폰의 탈옥을 도와 루트비히를 유인하는 것이 목표다.

류와 동료들은 미사일 기지를 습격한 캣에게서 “네클라임의 유럽 지부가 운석을 네오 토키오에 떨어트린다”라는 계획을 알아낸다

풀러를 추방하면서 다섯 개로 분열된 네클라임은 풀러의 유산을 손에 넣고자 한다. 류와 동료들은 그 유산을 가진 해적 드레드와 만나게 된다.

루트비히는 풀러의 비밀기지에서 프로젝트 3891의 전모를 알게 된다. 조바심이 난 풀러는 류에게 프로젝트를 서둘러 실행하길 권한다.

고민에 빠진 류 앞에 수수께끼 단체가 나타난다. 공격을 받고 건물에서 떨어지는 류를 구한 건 놀랍게도 풀러였다

오토바이 사고를 낸 류가 깨어나 보니 그곳은 1983년이었다. 과거로 돌아온 줄 알고 들뜬 류.

범인을 쫓다 다운타운에 온 류는 그곳에서 연예인 지망생 마리아와 만난다. 마리아의 연인은 도주 중인 범인 벤인데