거인화한 엘런은 여성형거인에 맞서 싸운다. 두 거인의 싸움으로 스토헤스 구는 초토화되기 시작하는데... 그러나 막대한 희생과 피해에도 불구하고 조사병단은 작전을 속행한다.

눈앞에서 정체를 드러낸 여성형 거인. 그와 동시에 조사병단은 비밀작전을 개시한다. 그러나 여성형 거인의 정체를 확인하게 된 엘런은 싸울 것을 주저하고 마는데...

조사병단의 작전이 실패로 끝나자 엘런은 왕도로 소환되게 된다. 헌병단에 들어간 애니는 이런 엘런의 경호를 맡게 되는데... 그런데 그녀 앞에 갑자기 아르민이 나타나 어떤 극비작전에 협력해달라고 요구한다.

여성형 거인에게 패한 후 사로잡힌 엘런을 구하기 위해 협력하는 리바이와 미카사. 엘런을 다시 찾아오는데는 성공하지만 미카사의 실수로 그만 리바이는 다리에 부상을 입고만다. 그리고 귀환길, 상처입고 피폐해진 조사병단에겐 그 귀환조차 쉽지가 않았는데...

거인들을 불러 자신을 먹게 함으로써 함정을 빠져 나간 여성형 거인을 보고 엘빈은 병단에게 철수를 명령한다. 여성형 거인은 인간으로 돌아와 조사병단 사이에 섞여 엘런에게 접근하다가 다시 거인화를 시도하는데...

수많은 병단원들의 희생끝에 생포한 여성형 거인. 그러나 여성형의 특수한 능력때문에 안쪽의 본체를 끌어내는 것은 불가능했다. 리스크를 감수한채 화약으로 손을 날려버리려 한 순간, 여성형이 혼신의 비명을 지르기 시작했는데...

거인을 피해 숲속으로 들어왔으나 가속하며 쫓아오는 여성형 거인을 막을 수는 없었다. 그러나 리바이는 입체기동도, 명령도 내리지 않은 채 단지 앞만 보고 달릴 뿐이었는데... 차례차례 죽어나가는 조사병을 보며 엘런은 자신이 직접 거인이 되어 싸워야 하나 갈등의 기로에 놓인다.

엘빈 단장을 선두로 신병들과 함께 벽외 조사를 나서게 된 조사병단. 벽외조사는 얼마나 거인을 잘 피하냐에 성공여부가 달려있어 서로 신호탄을 쓰며 전진하고 있었는데... 그러나 이런 엘빈의 작전도 무색하게 기행종 무리와 엄청난 공격력을 가진 여성형 거인이 나타난다.

귀중한 실험체 거인 두 마리가 누군가에 의해 살해당하는 사건이 발생된다. 범인을 잡아내기 위해 병단내에서는 조사가 시작되는데... 그리고 그날 밤, 자신이 속할 병단을 선택하는 104기 훈련병 퇴소식이 거행된다.

법정의 결정에 따라 특별 작전반, 통칭 리바이반과 함께 구 조사병단 본부로 향한 엘런. 그러나 그곳은 정예라기 보단 괴짜들의 소굴이었는데. 엘런은 한지의 거인에 관한 연구를 듣고 질려버리고 만다.

벽 안쪽은 인류의 편에 선 거인의 이야기로 떠들석했다. 한편, 군 내에선 엘런의 처분을 놓고 헌병단과 주둔병단 각자의 생각이 교차한 심의가 열린다.

엘런을 지키기 위해, 인류를 지키기 위해 거인에게 쓰려져가는 병사들. 그리고 엘런은 아르민의 외침에 응답하여 임무를 깨닫고 행동에 나서기 시작하는데...

엘런의 거인화 능력을 보고 가능성을 깨달은 픽시스는 정예부대를 앞세워 트로스트 탈환 작전을 명령한다. 그러나 거인이 되자마자 폭주하는 엘런 때문에 작전은 실패로 치닫고 있었는데. 미카사는 거인이 된 엘런에게 계속 말을 걸어보지만 엘런은 그녀를 알아보지 못하고 오히려 공격하기 시작한다.

엘런은 트로스트 구를 탈환하기 위한 작전에 참여할 것을 결심한다. 그러나 거인의 공포를 체험한 병사들은 혼란에 빠져 있었는데... 그때, 남방령 최고 사령관 픽시스가 병사들 앞에 선다.

자비없는 유탄 발포에 미카사와 아르민을 지키기 위해 거인으로 변한 엘런. 이런 엘런의 모습을 보고 병사들의 공포감은 극에 달한다. 이때, 엘런은 이 상황을 타개할 두 가지 방법이 있다며 아르민에게 자신을 생각을 말하는데...

벽외조사를 떠났던 조사병단 주력부대의 리바이에게 트로스트 구의 소식이 전해진다. 한편 엘런이 거인의 몸속에서 나오는 장면을 목격한 주둔병단은 그와 친구들을 심문하기 시작한다.

갑자기 나타난 거인을 죽이는 거인을 보고 아르민은 유인 작전을 생각해낸다. 거인과 함께 거인과 싸운다는 무모한 전략이지만 미카사는 이 작은 가능성에 온몸을 맡기는데... 한편, 장은 잡아 먹히는 동료들을 보면서 죄책감에 사로잡힌다.

민들의 대피가 무사히 끝나고 철수 명령이 내려진 트로스트 구. 그러나 몰려드는 거인들 때문에 가스 보급반은 임무를 포기하고 본부에서 틀어박히는데. 이에 밖에 남겨진 아르민을 비롯한 훈련병들은 부족한 가스 때문에 벽을 넘지 못하게 된다.

5년 만에 등장한 초대형 거인으로 월 로제는 돌파당할 위기에 처하게 된다. 이때, 엘런은 초대형 거인을 향해서 돌진하지만 거인은 성문을 부수고 증발해버리는데. 뚫린 문으로 들어오는 거인들로부터 트로스트 구를 지키기 위해, 훈련병들도 예외 없이 전투에 나서게 된다.

월 마리아 돌파 후 5년, 수 년 간의 힘든 훈련을 극복하고 훈련병 졸업을 맞이한 엘런과 친구들. 런은 상위 10명에게만 주어지는 헌병단 입단 권한을 마다한 채 조사병단 입단을 결심하는데...