노바로 변해버린 아멜리아 앞을 막아선 시폰은 그녀의 증오를 해소시켜 보고자 대화를 시도한다. 그러나 아멜리이아의 인간에 대한 증오는 아멜리아 자신조차 제어할 수 없는 것이 되어있었는데...

E판도라 계획의 실상을 알리기 위해 오하라의 연구소를 찾아간 아멜리아는 오하라가 비밀리에 진행시키고 있었던 연구물을 보게 된다. 그리고 E판도라들의 신뢰를 완전히 저버린 그녀의 연구에 아멜리아는 폭주하고, 노바화되는데

E판도라 계획의 진상을 세상에 알리기 위해 아멜리아 에반스와 함께 오하라의 연구실로 향하던 사테라이자 일행은 시폰 페어차일드와 맞닥뜨린다. 시폰은 특유의 웃음을 띄우며 사테라이자와 라나의 공격을 튕겨내는데...

직접 마크 4를 투여해 노바화가 진행된 아멜리아 앞에 사테라이자와 카즈야가 나타난다. 상부의 E판도라 실험에 반대 의사를 표하게 된 사테라이자는 슈발리에 쪽의 판도라와 싸우게 되는데.

E판도라가 노바화 되었음에도 슈발리에는 마크 4 실험을 재개한다. 아멜리아는 다른 동료들이 희생될 바에야 자신에게 실험해 달라며 오하라 박사를 찾아가지만 그녀의 의견은 무참히 묵살될 뿐이었는데... 한편, 판도라들 사이에서도 노바화의 괴담이 퍼지면서 E판도라 실험에 의문을 제기하는 자가 나오기 시작한다.

자신의 말에 반항하는 사테라이자와 카즈야의 태도가 마음에 들지 않았던 루이스는 자신의 파트너, 홀리에게 공격 명령을 내린다. 사테라이자는 제네틱스 UK 1위인 홀리의 검을 받아내고 큰 상처를 입게 되는데.

엘 브리짓 리조트에서 루이스와 마주치게 된 사테라는 과거의 기억을 떠올리며 벌벌 떤다. 그리고 이런 사테라의 마음을 아는지 모르는지 루이스는 밤에 그녀의 방으로 찾아오는데. 카즈야를 리미터로 데려온 사테라이자가 마음에 들지 않는 루이스는 결국 그녀에게 폭력을 행사한다.

E판도라를 대상으로 비 인도적인 실험이 벌어지고 있음을 직감한 엘리자베스는 조용히 메이블리 가문에 조사서를 보낸다. 그러나 이를 알아 챈 슈발리에는 엘리자베스를 군율 위반으로 잡아와 고문을 가하는데. 한편, 사테라이자와 카즈야는 계획에 없던 발리행 비행기를 탄다.

E판도라의 힘을 오리지널 판도라의 수준까지 끌어올리기 위해서 오하라 박사는 위험성이 큰 마크 4를 E판도라에게 투여하기로 한다. 이를 듣고 마크 3의 실험에서 죽음의 문턱까지 갔었던 아멜리아는 오하라 박사를 찾아가는데.

성흔 접합체가 아닌 일반 여성을 판도라로 만든다는 E판도라 계획, 그 성과를 보기 위해 오리지널 판도라와 에볼루션 판도라의 대결이 열리게 된다. 그러나 그들은 볼트 웨폰 구현화부터 액셀까지 오리지널에 비해 너무 약할 뿐이었는데...

알래스카 상공을 날고 있던 사테라이자 일행은 갑작스런 노바의 출현을 통신으로 듣고 그곳을 향한다. 노바를 유인하며 전투를 하던 도중 타이밍 좋게 나타난 지원군과 미사일에 사테라이자는 위화감을 느끼는데...