어느 날 키타시라카와 미에몬이라는 인물이 아마가미 신사에 찾아왔다. 키타시라카와는 신사를 협찬하는 사람으로, 최근에 참배객과 수익이 감소했다는 이유로 무려 아마가미 신사를 팔아야겠다며 신사 사람들을 압박했다. 어떻게 해서든 신사를 지키고 싶은 세 자매와, 그녀들의 마음을 느낀 우류는 예대제에서 참배객 5000명을 모으면 신사 매각 이야기는 철회해달라고 키타시라카와에게 요청했다. 이렇게 우류와 세 자매는 신사를 지키기 위해, 참배객 5000명을 모으는 방법을 필사적으로 생각했는데.

우여곡절 끝에 '가족'으로서 한 지붕 아래에서 공동생활을 시작한 우류와 아마가미 세 자매. 그러자 치도리가 서로 친목을 다지기 위해 맞선을 보라는 지시를 내렸다. 장래에 신사를 이을 생각이 없는 우류는 맞선에 의욕이 없었고, 세 자매 또한 자신과 마찬가지로 소극적일 거라고 예상했다. 하지만 첫 번째 상대이자 막내인 아사히는 의외로 맞선에 적극적이어서 우류와의 거리를 척척 좁혀나갔는데.

어떻게든 무사히 시작된 줄로만 알았던 우류와 아마가미 세 자매와의 공동생활. 하지만 아마가미 신사의 궁사인 치도리로부터 언젠가 우류가 세 자매 중 한 사람과 결혼해 사위가 되어, 신사를 이어야 한다는 말을 듣고 상황은 일변했다. 장래에 의사가 되겠다는 꿈이 있는 우류는 물론이고, 갑작스러운 결혼 얘기에 세 자매도 동요하고 당혹스러워했다. 세 자매는 유나를 중심으로 우류가 원만하게 신사에서 나가게 만들기 위해 '슬며시 쫓아내기 작전'을 실행하게 되었는데.

신의 존재를 믿지 않는 고등학생 카미하테 우류. 우류는 친척이 없어 보육원에서 자랐지만, 어느 날 보호자 후보를 찾게 되었다. 교토 대학 의학부를 목표로 하는 우류는 이걸로 마음 편하게 공부할 수 있게 됐다며 기뻐했지만, 그를 맡게 된 곳은 무려 신사였다. 게다가 그곳엔 아마가미 야에, 아마가미 유나, 아마가미 아사히라는 자신과 비슷한 또래면서, 개성적이지만 사랑스러운 무녀 세 자매가 살고 있었다. 그렇게 우류는 갑자기 시작하게 된 무녀 세 자매와의 동거 생활에 휘둘리게 되었는데.